All'interno del comparto di studio sono presenti tre zone naturali protette (siti di riproduzione di anfibi di importanza nazionale, cantonale e locale); la più rilevante (Boschetto di Agnuzzo a Muzzano) ospita la Rana agile, la Raganella e la Natrice tessellata. Le dimensioni delle riserve sono tuttavia assai contenute.
Le rive lacustri del Golfo di Agno, ad eccezione della riserva del Boschetto di Agnuzzo, sono soggette alla forte pressione antropica derivante delle aree di campeggio e dalle vie di comunicazione. La rete idrografica è composta oltre che dal Vedeggio e dal Ceresio, da una rete di canali e ruscelli, solo localmente con alveo e argini seminaturali. Essa dispone di un buon potenziale e potrebbe costituire la spina su cui poggiare l'infrastruttura ecologica regionale ma è in gran parte compromessa.
I boschi planiziali si riducono alla stretta fascia fluviale del Vedeggio, al Boschetto di Agnuzzo e a pochi altri frammenti isolati l'uno dall'altro. I boschi della fascia pedemontana, esterni al perimetro di studio, sono prevalentemente dominati dal Castagno, gestito in parte ad alto fusto (selve castanili). I contenuti naturalistici di queste formazioni sono potenzialmente molto interessanti.
Verso sud, due comparti agricoli rilevanti caratterizzano la pianura urbanizzata. La presenza di imponenti filari di alberi (faggi, platani, noci ed altri ancora) lungo la rete di percorsi agricoli marca il paesaggio, la rete dei canali di drenaggio è ben sviluppata; il potenziale ecologico è tuttavia realizzato soltanto in parte a causa della quasi assoluta assenza di altri elementi strutturanti (elementi arbustivi, siepi, fasce erbacee estensive, macchie incolte, ecc.). Più a nord i comparti agricoli sono di dimensioni minori, occupano la fascia pedemontana tra aree edificabili e bosco collinare, sono gestiti in modo molto più estensivo e presentano un buon complesso di elementi strutturanti; la loro funzionalità ecologica è interessante malgrado la limitatezza delle superfici.